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Utilisation temporaire
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Attention à chaque reboot il faudra reconfigurer le proxy si vous en avez besoin, mais en principe vous en avez besoin que dans des cas précis (wget, dépots autres que les dépôts officiels debian...)

- Pour utiliser le proxy, tapez la commande :

export http_proxy='http://user:mot_de_passe@192.168.1.21:3128'
export https_proxy='http://user:mot_de_passe@192.168.1.21:3128'

Exemple : 
export http_proxy='http://toto:Passw0rd@192.168.1.21:3128'
export https_proxy='http://toto:Passw0rd@192.168.1.21:3128'

- Pour l'enlever :

export http_proxy=''
export https_proxy=''

- Voir si le proxy est configuré :

echo $http_proxy
echo $https_proxy

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Utilisation permanente pour apt
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Par défaut il se configure dans ce fichier lors de l'installation :
/etc/apt/apt.conf.d/70debconf

Mais vous avez la possibilté de créer un fichier :
/etc/apt/apt.conf.d/01proxy

Et d'ajouter cette instruction :

Acquire::http::Proxy "http://user:mdp@192.168.1.21:3128/";
Acquire::https::Proxy "http://user:mdp@192.168.1.21:3128/";